De Unesco Commissie in Nederland bestaat uit (maximaal) elf leden, benoemd door de Minister van OCW. De Commissie wordt ondersteund door een bureau (ca 7 fte), dat functioneel is ondergebracht bij het ministerie van OCW, als onafhankelijke unit in de biotoop van de OCW adviesraden.
Organisatie, bedrijfsvoering en financiën
Financiering van staf en activiteiten geschiedt primair door het ministerie van OCW, soms aangevuld met (project-) gelden van andere organisaties.
Naast de Unesco Commissie bestaat de Stichting Unesco Nederland, die projecten van de Unesco Commissie ter versterking van de doelstelling kan ondersteunen, en giften kan ontvangen. De Stichting kent een eigen onafhankelijk bestuur.